Z historie
Základem dnešní botanické sbírky jihlavského muzea byl herbář městského rady Edmunda Prusika, který byl roku 1893 darem města Jihlavy právě vznikající instituci. Tento herbář obsahoval 1365 kusů jednotlivých herbářových položek, které byly, jak bylo v tehdejší době zvykem, získány zejména výměnou za jiné herbářové položky. Jeho součástí tak byla řada druhů rostlin z celého světa, u některých z nich však vzhledem k neúplným údajům na schedách nejsme schopni říci, kde přesně byly sbírány, tedy zda v místech jejich původního areálu, nebo někde ve střední Evropě v botanických zahradách či parcích. Součástí Prusikova herbáře však byly i položky, které v okolí Jihlavy sbíral Heinrich Wilhelm Reichardt (1835–1885), v Jihlavě narozený významný rakouský botanik. Položky Prusikova herbáře však byly zařazeny do muzejního systematického herbáře až v osmdesátých letech 20. století. Roku 1898 byl opět darem města Jihlavy získán herbář statkáře Felixe Schwarzela z Baštínova u Havlíčkova (tehdy Německého) Brodu.
Zcela zásadním impulsem pro rozvoj herbářové sbírky bylo zaměstnání prvního botanika na „plný úvazek“. Tím se stal v roce 1961 RNDr. Ivan Růžička, absolvent brněnské katedry botaniky Masarykovy univerzity. Ačkoliv původem z jižní Moravy, přesněji tedy z okraje Českého masivu mezi Brnem a Vyškovem, s výhledem na karpatskou předhlubeň a hřebeny flyšových vnějších západních Karpat, brzy se sžil s krajinou Českomoravské vrchoviny, jejími biotopy a flórou. Za jeho působení dostal jihlavský herbář pověst pečlivě vedené a spravované sbírky, která se řadí k těm nejdůležitějším regionálním herbářům v bývalém Československu. Jím prvně pořízená položka do muzejního herbáře, na skalách rostoucí kapradina osladič obecný, nese paginační číslo 1 a byla získána 5. října 1961 v údolí řeky Jihlavy u bývalé helenínské továrny, tedy nedaleko současného umístění muzejních depozitářů. Ivanem Růžičkou započatý systém evidence, zpracování herbářových položek, vedení floristické kartotéky či archiv fotodokumentace funguje dodnes. Po přestěhování depozitářů do Helenína se stala mnohem důležitější i existence takzvaného „srovnávacího herbáře“ přímo u pracovny přírodovědců v budově na náměstí, kde je každý druh obsažený v základním herbáři reprezentován jednou vybranou položkou pro účely rychlého porovnání a determinace nově sebraných rostlin. Na začátku 90. let s příchodem informačních technologií byla zahájena i počítačová správa sbírek, tehdy v programu AISM, který byl na přelomu tisíciletí nahrazen programem DEMUS.
Mezi nejdůležitější terénní počiny působení Ivana Růžičky v muzeu bezesporu patří výzkum a dokumentace rašelinišť Jihlavska odsouzených k zániku během melioračního běsnění konce sedmdesátých a začátku osmdesátých let. Tehdy doslova s bagry před sebou i za zády objížděl, fotografoval, pořizoval sběry do herbáře a dokumentoval lokality, které již v dnešní době neexistují. U několika z nich však i přes posměch a nechápavost tehdejší místní úřední vrchnosti komunistického režimu dosáhnul alespoň částečné redukce odvodňovacích prací, a tak ještě dnes můžeme navštěvovat zbytky mokřadních biotopů na řadě míst Českomoravské vrchoviny. Byť pohledem botanika ještě třeba šedesátých let 20. století se jedná o pouhá narušená a ochuzená torza, dodnes fungují jako refugia řady druhů a společenstev upomínajících na konec poslední doby ledové. Další Růžičkovou významnou prací bylo mapování rozšíření prhy arniky, dřípatky horské a bledule jarní na Českomoravské vrchovině, tedy vizuálně nápadných a atraktivních druhů. Na úbytku lokalit těchto taxonů lze snadno demonstrovat ochuzování, degradaci a postupnou destrukci tradiční krajiny Českomoravské vrchoviny během druhé poloviny 20. století. Dalším jeho pozoruhodným počinem byla metoda zalévání rostlin do polymethylmethakrylátové pryskyřice, kterou i v odborných muzejních kruzích popisoval a propagoval. Tato technika se pro svou pracnost bohužel dál více nerozšířila.
Po odchodu Ivana Růžičky do důchodu byla v roce 2000 na jeho místo přijata Mgr. Kamila Dvořáčková. Ta pokračovala ve výzkumu mokřadních biotopů, více se však specializovala na vodní rostliny, neboli makrofyta. Dále prohlubovala využití informačních technologií, jednak při databázovém vedení dokumentace k botanické sbírce, tak i ve spolupráci s Klárou Bezděčkovou při rozjezdu muzejních „webových“ technologií. Podílela se na organizování floristického kurzu České botanické společnosti, který se v roce 2005 konal právě v Jihlavě a značně zpřesnil znalosti o současné flóře centrální části Českomoravské vrchoviny a seznámil s ní širokou botanickou obec z celé republiky, kterou je jinak tento kus naší vlasti neprávem opomíjen. Po odchodu na rodičovskou dovolenou na konci roku 2005 na její místo nastoupil její manžel Mgr. Jiří Juřička.
