Sbírky
Geologické sbírky obsahují převážně vzorky minerálů a hornin, zkamenělin (asi 100 kusů) a tektitů (asi 50 kusů). V současné době je ve sbírce celkem evidováno asi 6500 evidenčních čísel, což představuje asi 12.000 kusů. Všechny vzorky mimo aktuálních přírůstků jsou evidovány v druhém stupni evidence (v programu Demus) a většina z nich je dokumentována i fotograficky. Přírůstky do sbírky jsou získávány vlastním sběrem i nákupy, významnou část tvoří i dary sběratelů nerostů.
Regionálně pokrývá sbírka zejména Českomoravskou vrchovinu, zastoupen je ale materiál z celé ČR a spíše ojediněle i ze zahraničních lokalit. Významnou součástí sbírky je materiál z rudních ložisek, žulových a lithných pegmatitů Českomoravské vrchoviny. Řada vzorků je z dnes již zaniklých nebo vyčerpaných lokalit a má vynikající výstavní kvalitu.
Nejvýznamnějším jednotlivým kusem ve sbírce je vzorek stonařovského meteoritu – muzeum vlastní největší na světě existující exemplář. Díky akvizicím z poslední doby je ve sbírce unikátní kolekce drahých kamenů Českomoravské vrchoviny – jsou zastoupeny všechny typy drahých kamenů a to jak v podobě nerostů-šperkařské suroviny tak i šperků, broušených nebo jinak umělecky zpracovaných předmětů.
Z odborného hlediska je významnou součástí geologické sbírky kolekce výbrusů a nábrusů bývalého podniku Geoindustria Jihlava – jedná se o dokladový materiál zejména z ložiskových průzkumů prováděných tímto podnikem v období asi 40 let.
Muzejní geolog spravuje také sbírku Kamenictví. Ta obsahuje asi 80 evidenčních čísel, tj. asi 100 kusů předmětů, které dokumentují kamenické řemeslo na Vysočině (nářadí, pomůcky, suroviny apod.).
