Muzeum Vysočiny Jihlava
shromažďuje, spravuje, odborně využívá, zpřístupňuje a edukuje přírodovědné a historické sbírky, převážně z regionu. Vedle vlastní vědeckovýzkumné činnosti organizuje odborné konference a semináře a zajišťuje služby pro veřejnost v odborné muzejní knihovně. Kromě zajištění provozu dlouhodobých expozic muzeum ročně pořádá přibližně deset až patnáct tematických výstav a řadu dalších kulturních a společenských akcí, vydává periodické i neperiodické publikace.
Jihlava
Muzeum zřizované Krajem Vysočina, sídlí v historických budovách na Masarykově náměstí. Se svými pobočkami v Telči, Třešti a hradem Roštejnem je největším muzeem v kraji.
Telč
Nové působiště telčské pobočky je v areálu bývalého špitálu na Starém Městě v Telči. Kromě zcela unikátní dlouhodobé výstavy Křehká krása rašelinišť mohou návštěvníci také zhlédnout prezentaci věnovanou odkazu sochaře a cestovatele F. V. Foita a také krátkodobé tematické výstavy.
Třešť
Pobočka MVJ v Třešti sídlí od r. 2003 v domě, ze kterého pocházel světově uznávaný ekonom J. A. Schumpeter. Mimo expozice věnované betlémářství je zde k vidění Zámecký pokoj, stálá expozice Zaniklý třešťský průmysl a také krátkodobé tematické výstavy.
Hrad Roštejn
Pozdně gotický hrad s mohutnou sedmibokou věží, který se zvedá na skalnatém vrchu v romantické krajině Javořických vrchů u vsi Doupě, byl vybudován pány z Hradce v první polovině 14. století.
