Historie muzea
První snahy o založení muzea v Jihlavě se objevují již v 80. letech 19. století. V té době převážně německé obyvatelstvo města si stále více uvědomovalo nástup českého živlu. Tato skutečnost u něj vyvolala potřebu vytvoření kulturní instituce, která by dokumentovala dějiny a život německého jazykového ostrova. Po několika letech úvah a přípravných jednání byl na konce roku 1891 založen Muzejní spolek, který se měl trvale starat o činnost muzejní instituce, ustavené v roce 1892. K slavnostnímu otevření muzea pro veřejnost došlo 23. 6. 1895.
V následujících desetiletích si jihlavské městské muzeum zachovávalo svůj německý ráz, i když ustanovením vládního komisaře bylo od května 1924 řízeno česko-německým kuratoriem. Po skončení druhé světové války se muzeum dostává do české správy a je řízeno národním výborem. V roce 1953 získává statut Krajského vlastivědného ústavu a stěhuje se do nově zrekonstruovaných historických domů č. 57 a 58 na hlavním jihlavském náměstí. V této době je muzeum již zcela profesionalizováno a stává se centrem veškeré muzejní práce v tehdejším Jihlavském kraji.
Po územní reorganizaci v roce 1960 (zrušení jihlavského kraje) je organizace zřizována okresním národním výborem, dostává název Oblastní muzeum Vysočiny, později Muzeum Vysočiny. V 60. letech 20. století dochází k procesu integrace městských muzeí k muzeím okresním. K Muzeu Vysočiny je postupně připojováno jako pobočka muzeum v Polné (1963), muzeum v Telči (1963), hrad Roštejn (1964) a muzeum v Třešti (1971).
Od roku 2003, v rámci reformy územní samosprávy, je muzeum zřizováno Krajem Vysočina s novým názvem Muzeum Vysočiny Jihlava. Z rozhodnutí Krajského úřadu Kraje Vysočina, zřizovatele muzea, byla pobočka Polná oddělena od Muzea Vysočiny Jihlava od 1. ledna 2007.
V současné době je Muzeum Vysočiny Jihlava, příspěvková organizace, se svými pobočkami – hradem Roštejnem, muzeem v Telči a muzeem v Třešti, největším muzeem v Kraji Vysočina.